ガンダムシードデスティニー・ストーリー

第２１話　『さまよう眸（ひとみ）』

ミーアキャンベルがアスランにべったりとくっつき、ルナマリアはそれに反感を覚え、シンには彼女がなぜ怒っているのか判らない……アスランが女性に妙にもてる

そんな中、ミーアとデュランダルの護衛としてディオキアを訪れていたフェイスである、ハイネは、アスランたちに自分がミネルバ配属になったことを告げる。

ハイネは、前のローエングリーン戦で共同参加した部隊のＭＳ隊の隊長も勤めていた。

一方、ディオキアの外に出たシンは、海辺で溺れる少女を見つける。
慌てて、その少女を助けるシンであった。その少女は、ステラだった。
それが、彼とステラの、２度目の出会いであったが、お互いに最初の出会いは覚えていなかった。

その衝撃的な出会いと、シンの「君を守るから」という思いは・・・・・・

第２２話　『蒼天の剣（つるぎ）』

ユーラシア西側の紛争対応に追われる地球連合に対し、ジブリールはオーブ軍を増援として派遣することを決定する。

慎重論を唱えるトダカだが、ユウナ自らが総指揮官として陣頭に立つ以上、軍人として拒むことは出来なかった。
その頃、シンはステラにもらった貝がらを大切にしていたが、ステラは記憶を消され、シンのハンカチのことを忘れていた。ネオはそんな彼女に、哀れみを感じる。

ミネルバではハイネが着任し、その明るい雰囲気でパイロットたちの絆を深めてゆくが、ミネルバの眼前に、オーブ、と連合の混生艦隊が立ちはだかる。

第２３話　『戦火の蔭』

タリアは、早期終結を図るべく、オーブ軍に向けてタンホイザーを起動させる、しかし、放たれようとしたタンホイザーに１本の光がはしり、タンホイザーを大破してしまう。

タンホイザーを撃破したのは、キラのフリーダムガンダムだった。

突然の乱入に困惑するザフト、連合の両陣営。

そのただ中にストライクルージュに乗るカガリは、オーブ軍に対して戦いから引くように呼びかける。
しかし、手負いのミネルバを今度こそ沈めたいネオはユウナに圧力をかけ、再開の戦火はオーブ軍より放たれるのだった……。

キラは停戦に持ち込むために両陣営を相手に戦いを繰り広げる。圧倒的な力の前に、ハイネが錯乱してしまう、そこへ、ステラの駆るガイアが、それが新たなる悲劇を生む原因になってしまう……。

第２４話　『すれ違う視線』

ダータルネスでの傷を癒すため、ミネルバはマルマラ海の基地に寄港した。
被ったダメージは大きく、それがフリーダムガンダムによってもたらされたことにシンは憤り、、アスランは思い悩む。

キラの、そしてカガリの真意を問うべく、アスランはアークエンジェルに接触することを決める。
しかし、その後をルナマリアがタリアの特命をうけ、偵察していたのだった。

偶然にも町でミリアリアに会うことが出来、そのミリアリアを通じて、ようやく再会するキラとカガリ、そしてかつてのいいなずけ、ラクスクラインの姿が。しかし互いの見てきたもの、思いはすれ違っていた……。

それを見ていた、ルナマリア・ホークは、ラクスクラインを見て驚きを隠せない。

一方、探索任務を帯びたシンとレイは、連合の研究施設らしき建物に足を踏み入れるのだが、なぜかレイが錯乱状態に陥ってしまう……。