ジーン・コリニーの勅令に従いラビアン・ローズIVに赴き、ガンダム試作3号機のトライアルを封印する。
ジョン・コーウェン中将の内諾を得ていたアルビオン乗組員達はラビアン・ローズ到着後にガンダム開発計画がジョン・コーウェン中将から軍本部の管理に移行した事を告げる。

シナプスは大佐だったことから、いちおうの敬意ははらっていたものの、ジーン・コリニー大将の命令は絶対であり、この点では命令に忠実な男だったといえる。

しかし、ガンダム試作3号機奪取を強行するコウとルセットのとの争いの中で、威嚇射撃だったにも関わらず、ナカトはコウをかばったルセット・オデビーを射殺してしまう。

そこからは、性格的に急変し、自分にとって不利な証言をするであろう、コウ・ウラキに罪をなすり付け、その場で射殺しようとしたが、決起したシナプス達によって身柄を拘束される。その後の消息は不明であるが、ガンダム３号機がアルビオンにわたった責任を取らされて官職にさせられた可能性が高い。

なお、この時に起こした決起の罪（いわゆるクーデター）により、後にシナプスの死罪が確定してしまう。

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