■ストーリー
連邦軍にとっての新兵器であるモビルスーツの運用及びデータ回収を目的に設立された小隊（通称モルモット隊）に配属になったユウ・カジマ少尉は、作戦行動中に蒼い塗装をされたモビルスーツの襲撃を受ける。しかし、その機体は、味方であるはずの陸戦型ガンダム（ジムヘッド）であった。

異常なまでの機動力と攻撃力を持つその機体を、何とか撃退することに成功したユウたちモルモット隊であった。しかし、彼らと蒼いモビルスーツとの因縁の始まりに過ぎなかったのである。

そのMSは、ジオンから亡命してきたクルスト・モーゼス博士とEXAMシステムと呼ばれる謎のシステムを搭載した蒼いモビルスーツを巡る戦いを描く。（ただしクルツ博士は亡命後に死亡、システムは試作品が完成していた。）

アルフ・カムラ（ブルーディスティニー担当の技術士官）により、EXAMシステムの開発は続行され、ユウたちモルモット隊に、テストの任務を与える。

しかし、その任務と現れたのが、かつて、ユウたちを襲った謎のMS、ブルーデスティニー１号機だったのだ。

そのときから、蒼い悪魔と共にするモルモット部隊。ユウはブルーデスティニー１号機を駆り次々と任務をこなし、EXAMシステムの完成にデータを蓄積していった。
が、ニムバス・シュターゼン（ジオン軍でEXAMシステム搭載機イフリート改のテストパイロットをしていた男）によって、ブルーデスティニー１号機とイフリート改は相打ちになってしまい、EXAMシステムを失ってしまう。

EXAMを失ったジオンは連邦からEXAM搭載のブルーデスティニー２号機を奪取し、クルツ博士を殺害。
残された、ブルーデスティニー３号機にて、ブルーデスティニー２号機を追い詰めるも、またもや相打ちになり、EXAMは歴史の闇に消えるのであった。

■登場人物
ユウ・カジマ
　モルモット隊のエースパイロット。プレイヤー自身という意味で「YOU」＝ユウと名づけられた。そういう意味でも、ストーリー中一切言葉を発しないユウのリアクションは決定済みで、他のキャラは無言のユウ相手に勝手に会話を展開する（何故か意思疎通は可能）。
　逆襲のシャアの際には階級は大佐となり、自身もジェガンで出撃する。ジェガンのコックピットからニューガンダムのサイコフレームの共振（ハイパーモード）の光に、かつてのブルーデスティニーの光を見る。

モーリン・キタムラ（CV：長沢美樹）
モルモット隊の索敵戦闘オペレーター。部隊の唯一の女性。ユウに恋心を抱いていたが、亡き父の決めた婚約者と結婚する事を決めユウとは別れたらしい。

フィリップ・ヒューズ（声：若本規夫）
　戦闘中でもジョークを飛ばす陽気な古参兵。モルモット部隊に配備される前はボールに登場いたらしい。パイロットとしての腕は確かで、ユウに継ぐチームの実力者。 グリプス戦役の後に退役し、パン屋を経営している。ユウによるとあまり美味しくないらしい

サマナ・ヒュリス（声：関智一）
　モルモット隊に配属された新兵。やや頼りないところがあったが、激しい戦いをくぐりぬけ、一人前のパイロットに成長する。 コレといった特徴がなく彼の操縦は基本に忠実で、ベテランパイロットには裏を取られやすい反面、後のMS用OS開発には非常に役に立ったという。 後に訓練将校となり多くの人材を輩出することに。

アルフ・カムラ（声：大塚芳忠）
ブルーディスティニー担当の技術士官。ブルーのテストパイロットとしてユウのMS操縦テクニックに目をつけ、ジム・ブルーディスティニー1号機と共にモルモット隊に配属される。
古典的なマッドサイエンティストで、その執着心は凄まじいものがある。後にニュータイプに魅せられ、ニュータイプ研究所でその研究を行っているらしい。

クルスト・モーゼス
元はジオンのフラナガン機関所属だったが、NTを深く恨んでおり、その恨みから開発したEXAMシステムを手土産に連邦に亡命した。 亡命理由はジオンには、EXAMに耐えうるMSが存在していなかったというのが理由なのだが、、、

ニムバス・シュターゼン（声：速水奨）
ジオン軍でEXAMシステム搭載機イフリート改のテストパイロットをしていた男で、EXAMシステム奪還の命を受け、クルスト博士の命とブルーディスティニーを狙う。好戦的で冷酷だがパイロットとしての腕はたしか。再三ユウと対峙し最後は宇宙にてブルーデスティニー同士の死闘をユウと繰り広げる。最後はユウを道連れにしようとするが、ブルーデスティニーによって阻まれるも、きっちり頭部を破壊しEXAMを連邦のものになるだけは阻止している。